در بالاترین رده سازمانی مرکز رشد فناوری تفت، هیئت امنای مرکز قرار دارد که به تأسی از پارک علم و فناوری استان یزد، هیأت امنای مرکز رشد فناوری تفت همان هیئت امنای پارک علم و فناوری استان یزد می‌باشد. پس از هیئت امنا، رئیس پارک علم و فناوری یزد قرار می‌گیرد که نقش هدایت و راهبری مرکز رشد فناوری تفت را بر عهده دارند. پس از رئیس پارک علم و فناوری یزد، مسئول مرکز رشد فناوری تفت قرار دارد که وظیفه اداره امور اجرایی مرکز رشد و نظارت بر فعالیت واحدهای مستقر را بر عهده دارد.